Ada beberapa pesantren yang sejak didirikan sudah menjadi pesantren modern, tetapi ada pula pesantren yang dulunya salaf murni yang beradaptasi dengan perkembangan zaman, kemudian mengkombinasikannya dengan sistem modern dalam arti ada pendidikan formal dan sistem pembelajaran bahasa Arab atau Inggris aktif di samping pendidikan kitab kuning.
Salah satu pondok yang termasuk kriteria di atas yaitu ponpes al khoirot gondanglegi malang.
mulai awal berdirinya, Pondok Pesantren Al-Khoirot memberlakukan sistem pendidikan salaf murni. sejak tahun 1970-an, PPA Malang mulai memperkenalkan sistem pendidikan murni agama dengan metode yang lebih modern yang biasa dikenal dengan madrasah diniyah atau madin. Jenjang madin pada saat awal berdirinya adalah kelas 1 sampai 6.
Pesantren al khoirot malang merupakan kombinasi salaf dan modern. ponpes tersebut memiliki ciri khas yang ada di pesantren salaf seperti pengajian kitab kuning/klasik (kutub at-turats) dengan sistem sorogan dan wetonan, ada madrasah diniyah, tahfidzul Qur’an, dan pada waktu yang sama memiliki sekolah formal dan mengajarkan bahasa Arab kontemporer.
Pesantren seperti Al-Khoirot Malang beranggapan bahwa sistem kombinasi antara sistem modern, salaf dan pendidikan formal adalah sistem terbaik saat ini untuk di implementasikan di pesantren.
Berikut beberapa ponpes salaf yang kemudian beradabsi dengan perkembangan zaman:
- Ponpes Al-Khoirot gondanglegi,malang
- Ponpea Nurul Jadid probolinggo,lumajang
- Ponpes Bata-bata pamekasan,Madura
- Ponpes Salafiyah sukorejo,situbondo
Oleh karena itu, banyak pesantren yang tidak langsung meniru bulat-bulat sistem ini tetapi mengombinasikannya dengan sistem salaf dan sistem pendidikan lain yang sebelumnya hanya di luar pesantren seperti pendidikan formal, dan lain-lain.
